Eduardo Mondlane geriu momentos de crise dentro da Frelimo durante a luta de libertação nacional.
Enquanto uns exigiam a independência de algumas zonas libertadas, o arquitecto da unidade nacional reafirmou, no segundo Congresso da Frelimo, que a política definida pelo partido assentava na luta pela “ independência total e completa” de Moçambique e não apenas de parte dela.